Por el Campeonato Uruguayo jugó poco, afectado por una lesión, pero sus actuaciones más destacadas ese año fueron por la Copa Libertadores. Le hizo un gol a Universitario de Lima, como visitante, y tuvo grandes actuaciones ante Santos por los octavos de final. En Montevideo empataron 4-4 en un partido memorable. En la revancha en Vila Belmiro Nacional mantuvo el empate, con un golazo suyo de tiro libre, y solo cayó en la definición por penales.
En la actividad local, el tricolor se quedó con el Torneo Apertura 2003 y apuntaba a quedarse con el Uruguayo por cuarta vez. Pero en el receso hubo cambios en el plantel. Se fueron algunos jugadores y llegaron, entre otros, los hermanos Julio y Jorge Dely Valdés. Y el monto de sus contratos molestó a O’Neill.