Si se cumple el deseo de los dirigentes de la AUF y Marcelo Gallardo asume el hierro ardiente de la dirección técnica de la Selección uruguaya, sería su tercer pasaje por el fútbol uruguayo. Los dos anteriores fueron muy exitosos, como jugador primero y como entrenador después en Nacional. Es más: en buena medida, el Gallardo triunfador del presente, el DT que todos quieren, comenzó en Montevideo.
Cuando llegó por primera vez, en agosto de 2010, era un jugador de 34 años con una brillante carrera a sus espaldas, pero que había dejado River, su club de siempre en Argentina, casi por la puerta de atrás.
Las gestiones las desarrolló la directiva de Nacional presidida entonces por Ricardo Alarcón. En buena medida pesaron los antecedentes de cracks argentinos veteranos que se pusieron la camiseta tricolor y aportaron mucho, como recién había sucedido con Ángel “Matute” Morales. Gallardo no había tenido una buena despedida de River. El 15 de mayo de 2010 iba a ser su último encuentro con la banda roja, ante Tigre, pero fue al banco. Sorpresivamente, el modesto rival se puso 5 a 0, por lo cual el técnico Ángel Cappa no quiso hacerlo ingresar. Como el entrenador no le dio seguridad de que iba a utilizarlo en la nueva temporada, prefirió marcharse.
A comienzos de agosto trascendió la noticia que Nacional estaba interesado en contratarlo. No se trataba de un simple deseo, porque había una negociación firme iniciada casi un mes antes. Finalmente, el 13 de agosto llegó a Montevideo y ese mismo día firmó contrato por un año con el tricolor.
Su debut oficial se registró el 4 de septiembre de 2010 frente a El Tanque Sisley por el Campeonato Uruguayo, cuando ingresó a los 54 minutos por Mathías Mirabaje. En el partido siguiente, el 19 de septiembre ante Bella Vista, fue titular. Sin embargo, alcanzó a jugar menos de diez minutos, pues sufrió una seria lesión. Después se comprobó que se le había roto el tendón rotuliano de la rodilla derecha.
Pese a que su intención inicial era volver a Argentina, Nacional lo esperó y Gallardo pudo regresar a las canchas en el Torneo Clausura, ya en 2011. Y contribuyó a la conquista de ese certamen, que puso al equipo en la final del Uruguayo. El 12 de junio se disputó la definición ante Defensor Sporting, Nacional se impuso 1-0 con gol de Tabaré Viudez y Gallardo ingresó a los 66 minutos por Richard Porta. Ese día, en medio de los festejos por el título, anunció su retiro del fútbol. En total, jugó 15 partidos con Nacional, de los cuales ganó 13, empató uno y perdió el otro, con tres goles convertidos (dos de tiro libre y uno de penal).
Después, el “Muñeco” volvió a Buenos Aires. Mientras tanto, Nacional se quedaba sin técnico ante la desvinculación de Juan Ramón Carrasco. Entonces, de una charla entre Alarcón, el director deportivo del club Daniel Enríquez y otros dirigentes surgió la idea de ofrecerle el cargo de entrenador a Gallardo.
Volvía ser una apuesta, porque por supuesto no tenía ningún antecedente en la función, pero a la gente del club le llamó la atención el liderazgo que Gallardo había logrado entre sus compañeros durante el año que pasó en el equipo.
Enriquez viajó a Buenos Aires y le hizo la propuesta, que sorprendió al exjugador, ya que su idea era dedicarse a estudiar dos años antes de dedicarse a dirigir. Pidió un par de días para pensarlo y al final respondió afirmativamente.
Debutó el 30 de julio de 2011 en un amistoso ante Rosario Central. Su etapa como entrenador fue muy parecida a la de futbolista: empezó mal (en este caso algunos resultados adversos hicieron tambalear su posición), pero Nacional terminó definiendo el Uruguayo, nuevamente ante Defensor, el 16 de junio de 2012. Y otra vez ganó el tricolor 1-0, esta vez con gol de Álvaro Recoba.
Como un año antes, Gallardo anunció entonces su partida. Habían sido apenas dos años, pero muy intensos y exitosos. Con la perspectiva que da el tiempo, también se puede decir que su gestión en el club uruguayo anunció su gran capacidad como entrenador, que todos comprobarían a partir de 2014 cuando firmó por River Plate.