Enriquez viajó a Buenos Aires y le hizo la propuesta, que sorprendió al exjugador, ya que su idea era dedicarse a estudiar dos años antes de dedicarse a dirigir. Pidió un par de días para pensarlo y al final respondió afirmativamente.
Debutó el 30 de julio de 2011 en un amistoso ante Rosario Central. Su etapa como entrenador fue muy parecida a la de futbolista: empezó mal (en este caso algunos resultados adversos hicieron tambalear su posición), pero Nacional terminó definiendo el Uruguayo, nuevamente ante Defensor, el 16 de junio de 2012. Y otra vez ganó el tricolor 1-0, esta vez con gol de Álvaro Recoba.
Como un año antes, Gallardo anunció entonces su partida. Habían sido apenas dos años, pero muy intensos y exitosos. Con la perspectiva que da el tiempo, también se puede decir que su gestión en el club uruguayo anunció su gran capacidad como entrenador, que todos comprobarían a partir de 2014 cuando firmó por River Plate.